Sheeta est une orpheline qui ne connait rien de ses origines. Pire, la pierre qu'elle porte, seul vestige de son passé, fait l'objet de bien des convoitises à tel point qu'elle est enlevée par des pirates de l'air emmenés par l'extraordinaire Ma Dola, une veuve d'une cinquantaine d'année déterminée à trouver la Cité Légendaire de Laputa ainsi que ses trésors ...
Le jeune assistant Pazu veut aussi découvrir Laputa ... mais pour montrer à tous que son père n'avait pas tort quand il disait que la cité légendaire était une réalité. En aidant Sheeta à s'échapper des pirates et de l'armée, Pazu se trouve entrainer dans une fabuleuses aventure.